A autofagia constitui uma das funções principais dos lisossomas. Com efeito, regendo-se o funcionamento da célula, por rigorosos princípios de economia que não autorizam o desperdício de recursos, as estruturas envelhecidas ou desajustadas das necessidades, são eliminadas e os seus componentes, recuperados e utilizados na síntese de novas moléculas ou na edificação de novas estruturas. A célula mobiliza, para esta reciclagem de materiais, mecanismos idênticos aos que emprega para digerir as substâncias.
A autofagia pode ser estimulada em determinadas situações, como, por exemplo, durante o jejum prolongado, aparecendo numerosos autofagossomos nos hepatócitos com o objetivo de converter os componentes da célula em alimento para prolongar a sobrevivência do organismo.
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